Pierwszymi mieszkańcami dzisiejszej Indonezji były plemiona austronezyjskie, przybyłe tu prawdopodobnie z Azji Południowo-Wschodniej w III tysiącleciu p.n.e. W początkach naszej ery z mieszkańcami Indonezji nawiązały kontakty poszczególne księstwa indyjskie, dzięki czemu pojawiła się tu kultura i religie pochodzące z tego subkontynentu – buddyzm i hinduizm.
W kolejnych wiekach (głównie na Sumatrze, Jawie i okolicznych wyspach) zaczęły powstawać zręby państwowości, oparte właśnie na wierzeniach indyjskich. Z czasem poszczególni władcy opanowali prawie cały obszar dzisiejszej Indonezji.
Ok. 1400 r. na Półwyspie Malajskim powstało silne państwo Malakka, które podporządkowało sobie też północną Sumatrę. W 1410 r. król Parameswara, władca Malakki przyjął islam, który wkrótce szybko rozprzestrzenił się na pozostałych wyspach, gdzie powstało kilka niezależnych sułtanatów.
Rozbicie na małe państewka ułatwiło krajom europejskim skolonializowanie obszaru Indonezji. Pierwsi dotarli tu Portugalczycy (1511 r.), potem Hiszpanie (1521 r.) a pod koniec XVI w. także Holendrzy, którzy okazali się największą siłą, władali bowiem wyspami aż do końca XVIII w. W okresie napoleońskim Indonezja przeszła pod władzę Francji, a potem na krótko (1811-24 r.) opanowali ją Brytyjczycy, po czym ponownie wróciła do Holandii.
Od połowy XIX w. Indonezyjczycy dążyli do uniezależnienia się od Holendrów (w 1927 r. powstała Indonezyjska Partia Narodowa z Sukarno na czele) jednak niepodległe państwo proklamowali dopiero (17 VIII 1945 r.), kiedy wycofywali się stąd Japończycy, okupujący wyspy w czasie II Wojny Światowej. Kilka tygodni później Holandia, nieuznająca niepodległości Indonezji, wysłała tam swoje wojsko i doszło do walk zbrojnych. Konflikt trwał aż do 1949 r. kiedy powstała Republika Stanów Zjednoczonych Indonezji, przemianowana rok później na Republikę Indonezji.
W 1963 r. Indonezja wywołała konflikt z Malezją, a dwa lata później władzę w kraju objął gen. Suharto, który krwawo rozprawił się z indonezyjską lewicą, dążącą wcześniej do przejęcia władzy.
W 1975 r. Indonezja zajęła Timor Wschodni, byłą kolonię portugalską, gdzie wybuchł wieloletni konflikt zbrojny. Pod koniec lat 90. ubiegłego w., kiedy Indonezja przeżywała olbrzymi kryzys gospodarczy, Suharto zrzekł się władzy. Wkrótce też (1999 r.) parlament Indonezji uznał niepodległość Timoru Wschodniego.