W czasach prekolumbijskich, terytorium dzisiejszej Kolumbii zamieszkiwały dwa indiańskie plemiona: Czibcza i Arawak, które stworzyły trzecią obok Majów i Azteków cywilizację Ameryki Południowej. Kultura uległa jednak gwałtownemu załamaniu po przybyciu Hiszpanów w XV w. Kolumbia pozostała hiszpańską kolonią aż do 1819 r. kiedy wojska powstańcze wyparły konkwistadorów. Do podobnych wydarzeń doszło także w innych rejonach Ameryki Południowej. Młode państwa były jednak zbyt słabe, by rządzić samodzielnie, dlatego w 1821 r. powstała Federacja Wielkiej Kolumbii. Początkowo w jej skład wchodziła jedynie Kolumbia i Wenezuela. Później dołączyły do nich Ekwador i Panama. Federacja nie działała jednak zbyt długo. Już w 1831 r. doszło do konfliktów granicznych między Kolumbią i Ekwadorem, co spowodowało rozpad Wielkiej Kolumbii. Tym sposobem powstała Nowa Grenada – państwo zbliżone kształtem do dzisiejszej Kolumbii.
Druga połowa XIX w to w Kolumbii czas wielu reform. Kraj przyjął nową konstytucję i przekształcił się w Stany Zjednoczone Kolumbii, zniesiono też niewolnictwo i ograniczono wpływy kościoła katolickiego. W 1903 r. od państwa oderwała się Panama. To wydarzenie zapoczątkowało bardzo smutny okres w historii. Wraz ze wzrostem wpływów Stanów Zjednoczonych, (to za ich sprawą dokonała się secesji Panamy), w Kolumbii drastycznie pogorszyła się sytuacja najuboższych chłopów. Większość z nich żyła w skrajnej biedzie, pracując w niewolniczych warunkach na plantacjach amerykańskiej korporacji Union Fruits Company. Na polepszenie warunków pracy nie było żadnych szans – w 1928 r. strajk pracowników w mieście Cienaga zakończyła tzw. masakra bananowa, w efekcie której życie straciło ok. 2 tys. robotników. To właśnie do tego wydarzenia nawiązał Gabriel Garcia Márquez w powieści „Sto lat samotności”. Krwawo stłumiony strajk był zaledwie wstępem do trwającej ponad pół wieku wojny domowej (początek – 1948 r.) między konserwatywnym rządem i lewicowymi partyzantami. Konflikt zakończył się formalnie dopiero w 2016 r. Podpisano wówczas porozumienie pokojowe między rządem i partyzantką, za które prezydent Kolumbii Juan Manuel Santos został nagrodzony za Pokojową Nagrodą Nobla. Poziom bezpieczeństwa w kraju wyraźnie polepszył się jednak już wcześniej, za prezydentury Alvaro Uribe (2002 – 2010).